化粪池作为有一百多年历史的传统环保设施，发挥了重要作用，但是随着社会的进步和城市现代化的发展，也出现了与社会发展背离的问题，亟待解决，主要表现在：
污泥的处置问题
按照化粪池的技术标准，化粪池的污泥清掏时间一般为90天、180天、360天，被清掏的污泥可以作为有机肥料，或者进行无害化处置。但是，随着化肥的广泛使用，社会的发展，使用粪便肥料越来越少，与此同时，我国污泥处置行业严重滞后，粪便污泥的无害化处理不足，我国13.6亿人每年产生超亿吨的粪便污泥，根据统计局数据，2012年无害化处理的粪便污泥只有801.4万吨。大量粪便污泥的清掏转移，造成了二次污染。因此，如果不能解决化粪池污泥的无害化处置问题，化粪池污泥就会成为水污染的污染源，化粪池问题是关系水污染治理成效的环保问题。
化粪池的堵塞问题
化粪池沉积污泥，底部是沉积污泥，表层是漂浮污泥，中间是悬浮污泥及污水，化粪池由隔墙分隔为两格化粪池或三格化粪池，隔墙上的过水洞口位于化粪池隔墙的中间部位，如果化粪池没有及时清掏，当化粪池沉积污泥超出过水洞口的高度，污泥就会堵塞洞口，造成化粪池堵塞。化粪池的堵塞问题严重影响了用户的正常生活，是亟待解决的化粪池应用问题。