医药洁净工程中洁净室这个概念一开始就是因为手术室才存在的，在没有洁净室的年代据大数据统计每年都有约10%的病患因感染而丧命。外科手术中病患的伤口更是直接暴露在空气中，所以感染率更高。空气洁净技术用在手术室工程中可以创造出一个无菌环境，将正在进行手术的医生和病患以及手术器械都笼罩在内，极大地降低了感染率。

单向流洁净室一般有两种类型，即水平流和垂直流。在水平流系统中，气流是从一面墙流向另一面墙。在垂直流系统中，气流是从吊顶流向地面。对要求洁净室的悬浮粒子浓度或微生物浓度更低的场合，就使用单向气流。以前称这类洁净室为“层流”洁净室。单向流和层流的名称均说明了其气流的状况：气流以一个方向流动（或是垂直的或是水平的），并以一般是0.3米/秒至0.5米/秒（60英尺/分钟至100英尺/分钟）的均速流过整个空间。由满布洁净室吊顶的过滤器向室内送风。气流有如一个空气活塞，向下流经室内，带走污染物，然后从地面排出。又在与外部的一些新鲜空气混合后，再循环至过滤器。

洁净室中由于静电引起的的事故屡有发生，因此洁净室的防静电能力如何已成为评价其质量的一个不可忽视的方面。

医药洁净工程中对环境清洁要求比较高的非手术室不可，一个现代化的手术室会使用空气清洁技术代替传统的紫外线来控制整个过程中的环境不受污染。手术室工程质量做的好，患者的感染率可降低10倍以上，医生相对应的也会减少或不使用损害患者免疫系统的。洁净室工程的质量和医疗质量有直接的重要关系，成功不是一个环节做好就可以达成的，每个都差一点累积起来就是差很多，所以不要忽略每一个环节。

医药洁净工程在符合生产工艺基本条件的前提下，为了达到加大净化效果、节约能源的目的，具有空气净化要求的房间应做特殊的布置。.空气清洁度高的洁净车间应放置在人员较少的地方，并布置在空调机房的旁边。由内到外的空间布局应与该空间对环境空气洁净度要求由高到低相对应，对洁净度要求相同的洁净车间应相对集中，防止等级不同的车间之间互相污染。