高新技术企业认定审计肯定是在高新技术企业的基础上才能去操作的，所以，想要申报高新技术企业认定审计，首先需要认定企业为高新技术企业。一定要先认定为高新技术企业，才能申报高新技术企业认定审计。

高新技术企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：

1、会计师事务所和高新技术企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定高新技术企业专项审计目的、审计范围、审计收费等；并签订业务约定书；

2、会计师事务所安排项目组，下发委托方高新技术企业专项审计准备的资料清单；

3、被审高新技术企业专项审计单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。

4、现场审计阶段；

5、审计情况汇总和形成审计报告初稿；

6、与被审高新技术企业专项审计单位交换意见；

7 、出具正式审计报告。

不论企业以前年度财务报表是否委托注册会计师进行审计，还是专项审计与年度财务报表审计是否为同一家会计师事务所承接，专项审计都可以按照《专项审计指引》独立实施审计程序。如果结合以前年度财务报表审计，确定的重要性水平应当低于相应财务报表审计的重要性水平，确定审计范围时应当考虑拟利用以前年度财务报表审计工作中获取的审计证据的程度。需要注意的是，应当结合具体环境考虑重要性的性质和数量两方面的因素。

要求识别和评估申报明细表层次以及各类交易、列报认定层次的重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险需要从整体上加以判断，比如，申报企业不能提供研究开发项目的相关计划与实施方案、研究开发记录，申报明细表整体上就可能存在重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是凌驾于内部控制制度之上时，很可能伪造或篡改编制申报明细表所依据的会计记录或相关文件。