原子印章和普通印章的区别在于：它的印油一次性注好就可以反复用好多次，而普通印章可就要时刻用印泥。
但是原子印章用久了会严重变形而导致银行审核票据时无法核对真伪。因此不能做为银行预留章使用。
原子印章亦称万次印章，属于现代高科技产品。由印柄和印面两部分组成。印柄是由手柄、弹簧、活动内芯、外框组成。原子印章印章面是利用具有微孔结构的海绵体特殊材料制成，浸印油后常浸润在印柄内芯，原子印章印面略低于外框。
印壳是否有印色深浅（或保护档）调节功能还要看手柄主轴按压的平衡性和操控的手感。这几方面都对印章的寿命和使用效果起到很大的作用，一般国产印壳都不具备以上功能。
质量好的印章对刻印使用的材料会有所规定，刻印可选择的材料有很多且设有不同等级，例如可以满足不同的环保需求。现在社会一般用金属、塑料这类价格较低廉但有同样良好刻印效果的用材。但如果是需要使用效益更为强大的刻印用品，则需要配置相应水平的刻印用材，如玉石等名贵用材，这类用材相应的价格会较高，但刻印时同样物有所值。