如果不定期清洗太阳能热水器，那么它里面就会积累很多水垢。而这些水垢中含有多种化学成分，长时间过后，水中的有害物质就会不断增加，可能会导致使用者皮肤过敏。另外，粘泥、微生物、在长时间的不断更新与交替反应中，也会生成很多有害物质，从而引发多种皮肤病。
控制结垢有溶解、消除结垢和除垢两种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。 普通的除垢方法分化学方法和物理方法。 化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗耳恭听、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。
清洗太阳能热水器不仅是一种卫生习惯，更重要的是延长其使用寿命。如果太阳能热水器长时间不进行清洗的话，在热水器的内部就容易形成水垢，由于水垢中存在着多种的化学成分，长期水垢的积累和沉淀使得水中的有害物质不断增加，用这种水洗脸或者是洗浴就会出现皮肤过敏的问题。
长时间以来，我们忽略了对太阳能的清洗，由于水质要素，致使许多的水垢和水锈堆积其间。大大降低了太阳能的功率和热效率，浪费能量达1/3以上，由于长时间积存水垢，不只浪费动力，而且还构成不风险，水垢致使受热不均构成炸管，堵塞管道，水循环减速，水温降低。具科学研究证明，水垢主要成分为钙，镁化合物，其他还富含多种有害的汞，镉，铅，砷等有害人体的元素。