纳税人信息资料的收集、整理。包括：基本信息(如纳税人成立、开业的时间、合同、章程等)、纳税人财务制度(包括财务管理制度、资产管理办法等)以及财务报表、纳税申报表等材料。
审计项目分析与评价。运用分析性复核办法，对涉及各税种的审计项目进行趋势、比率及比较分析，寻找可能存在问题的领域，为确认重点审计项目提供依据。
会计制度及内部控制的分析与评价。向纳税人发出纳税人《会计制度和内部控制问卷调查表》，或向纳税人提问会计制度和内部控制的有关问题，分析评价纳税人会计制度及内部控制的有效性、完整性、准确性，为确立重点审计项目提供依据。
下发《审计通知书》。根据上述的计划与安排，填写《税务审计通知书》，至少提前三天，将所要进行审计的内容、具体时间、地点、审计人员所需审计的有关纳税资料和要求纳税人配合事项等通知纳税人。
现场实施阶段。对纳税人单位的税务状况及各类税务报表等材料进行具体审查，对期间发现的问题进行详细记录。
从审计目的来看，纳税审计的目的 是通过纳税报表监督纳税人执行税法，依法纳税，保证国家的税收收入，而财务审计则旨在判定财务报表是否公允地反映财务状况和经营状况，以及会计处理办法是否符合会计准则的要求。