把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
银行出具的保证通常称为保函，其他保证人出具的书面保证一般称为保证书。保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书，其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
在办理中有两种方式，一种是自己公司有银行授信（大多数中小企业并没有），这种的可以直接用自己的授信额度来办理银行保函，等保函的期限到了之后再恢复额度，这种情况如果保函金额较大，会占用企业大部分授信额度，影响自己企业的资金运转，所以大部分企业再遇到大额保函的时候会选择第二种。
银行保函有个缺点就是，企业自己去银行办理保函，必须全额保证金交到银行，而且在规定时间内是不能挪用的，这样会占用公司大量的流动资金，可以解决的办法，就是找担保公司，他们在银行有授信，可以用他们在银行的授信出保函，只需要给一笔担保费就可以，不用交保证金，是非常划算的。