预付款保证金是目前工程建设领域仅存的四个保证金之一，其核心作用是施工项目中，甲方向乙方支付工程预付款后，为保障乙方按质按量进行工程实施，而要求乙方向甲方提供保证金。根据《办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知》，预付款保证金可以采用银行保函的形式缴纳。
预付款保函风险有哪些?
预付款保函：按国际工程承包的例行做法，合同生效一个月内，业主应向承包商预付一笔款额，通常合同总额的10-15%，由于是预付，承包商必须在合同的中期或后期偿还，通常是由工程进度款中扣回。为保证承包商能如数偿还这项预付款，业主要求承包商的银行出具等额的担保函。由于付款的偿还是分批扣还，而预付款保函则是一次性开出，如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款(因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款)。预付款保函的另一个风险是保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。还有一种可能的风险，就是预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。
预付款保函的有效期：
一般按合同，银行长一般提供24个月担保时间，如果继续要提供履约保函，要再行申请，而且银行方面也会向接受履约保函方提出到期的公函。承包商履约担保的有效期是在合同中约定的。合同约定的有效截止时间一般为工程建设合同约定的工程竣工验收合格之日后30天至180天。
由于办理投标保函时要求办理人在该银行有长期、固定的存款，所以银行并没有承担资金风险。但这种方式并没有解决企业资金占用的问题，于是，在银行存有长期固定存款的担保公司，可以为企业代为办理投标保函。即降低了银行的风险，也降低了投标企业的资金占用压力，担保公司也可以获取相应的办理费用作为回报。如果发生违约事件后，银行、担保公司会通过法律手段向违约人进行追讨，这样也加大了违约的成本，降低了违约出现的可能性。