资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
约束的目的不同。履约保证金的目的是担保承包人完全履行合同，主要保证工期和质量符合合同的约定。履约保证金的功能，在于承包人违约时，赔偿发包人的损失，也即如果承包人违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。质量保证金则更多的是一种约束工程质量的手段。
提交主体：投标保证金由所有投标人提交;履约保证金仅由中标人提交。
保证金的期限：投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交;履约保证金应在签定正式施工合同前提交;投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天;履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
质量保函，也称为“维修保函”，是指应供货方或承建人申请，向买方或业主保证，如货物或工程的质量不符合合同约定而卖方或承建人又不能依约更换或修理时，按买方或业主的索赔予以赔偿的书面文件。