代办运输公司营业执照的办理流程如下：

确定代办人或者代办机构：选择一家信誉良好的代办机构或个人，确保他们具备代办营业执照的资质和经验。

确认代办事项并签订代办协议：与代办人明确代办事项，包括公司名称、注册地址、经营范围等，并签订代办协议，明确双方的权利和义务。

准备相关资料：提供代办人所需的公司注册资料，包括身份证资料、注册地址资料等。

代办人正式办理营业执照：代办人将根据您提供的资料，前往当地工商行政管理部门提交申请，并等待审核结果。

领取营业执照：审核通过后，代办人将领取营业执照，并将其交付给您。

需要注意的是，代办营业执照仅代为办理相关手续，终的法律责任仍由您承担。因此，在选择代办机构和代办人时，需要谨慎选择，并确认他们的资质和信誉。