（一）保函有从属性保函和独立性保函之分，备用信用证无此区分
保函作为人的担保的一种，它与它所凭以开立的基础合同之间的关系是从属性亦或是独立的关系呢？据此，保函在性质上有从属性保函和独立性保函之分。传统的保函是从属性的，保函是基础合同的一个附属性契约，其法律效力随基础合同的存在、变化、灭失、担保人的责任是属于第二性的付款责任，只有当保函的申请人违约，并且不承担违约责任时，保证人才承担违约责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。而申请人是否违约，是要根据基础合同的规定以及实际履行情况来作出判断的，但这种判断显然不是件简单的事，经常要经过仲裁或诉讼才能解决其中的是非曲直。所以当从属性保函项下发生索赔时，担保人要根据基础合同的条款以及实际履行情况来确定是否予以支付。各国国内交易使用的保函基本上是从属性质的保函。
独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。
独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
独立性保函是二战后为适应当代国际贸易发展的需要，由银行和商业实践的发展而逐步确立起来的，并成为国际担保的主流和趋势，原因主要在于：，从属性保函的发生索赔时，担保银行须调查基础合同履行的真实情况，这是其人员和专业技术能力所不能及的，且会因此被卷入到合同纠纷甚至诉讼中。银行为自身利益考虑，绝不愿意卷入到复杂的合同纠纷中，使银行的利益和信誉受到损坏，而趋向于使用独立性保函。而且银行在处理保函业务时，正越来越多地引进信用证业务的处理原则，甚至有的将保函称为担保信用证。第二，独立性保函可使受益人的权益更有保障和更易于实现，可以避免保函申请人提出各种原因如不可抗力、合同履行不可能等等来对抗其索赔的请求，避免对违约人起诉所花费大量的金钱、精力及诉讼旷日持久等缺陷，可确保其权益不至因合同纠纷而受到损害。
备用信用证作为信用证的一种形式，并无从属性与独立性之分，它具有信用证的“独立性、自足性、纯粹单据交易”的特点，受益人在该信用证为准，开证行只根据信用证条款与条件来决定是否偿付，而与基础合约并无关。
（二）保函和备用信用证适用的法律规范和国际惯例不同。
由于各国对保函的法律规范各不相同的，到目前为止，尚未有一个可为各国银行界和贸易界广泛认可的保函国际惯例。独立性保函虽然在国际经贸实践中有广泛的应用，但大多数国家对其性质在法律上并未有明确规定，这在一定程度上阻碍了保函的发展。
银行保函又称银行保证书，也属银行信用，是指银行应申请人或委托人的要求向受益方开出的，担保申请人一定履行某种义务，并在申请人未能按规定履行其责任和义务时，由担保行代其支付一定金额、或作出一定经济赔偿的书面文件。
国际贸易中，跟单信用证为买方向卖方提供了银行信用作为付款保证，但不适用于需要为卖方向买方作担保的场合，也不适用于国际经济合作中货物买卖以外的其他各种交易方式。然而在国际经济交易中，合同当事人为了维护自己的经济利益，往往需要对可能发生的风险采取相应的保障措施，银行保函和备用信用证，就是以银行信用的形式所提供的保障措施。
银行保函是由银行开立的承担付款责任的一种担保凭证，银行根据保函的规定承担付款责任。银行保函大多属于“见索即付”（无条件保函），是不可撤销的文件。银行保函的当事人有委托人（要求银行开立保证书的一方）、受益人（收到保证书并凭此向 银行索偿的一方）、担保人（保函的开立人）。
其主要内容根据国际商会第458号出版物《UGD458》规定：
（1）有关当事人（名称与地址）。
（2）开立保函的依据。
（3）担保金额和金额递减条款。
（4）要求付款的条件。
国际商会于1992年出版了《见索即付保函统一规则》，其中规定，索偿时，受益人只需提供书面请求和保函中所规定的单据，担保人付款的依据是单据，而不能是某一事实。担保人与保函所可能依据的合约无关，也不受其约束。
以上规定表明，担保人所承担的责任是性的、直接的付款责任。
把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
部分新成立的建筑公司，由于其成立时间太短，无法提供近一年的审计报告或财务报告，公司过往业绩少，实力弱，在承接大金额项目时，自身实力无法匹配，相应的项目也无法办理保函。
保函手续费包括以下内容：
1、支付保函手续费：银行为客户开立支付保函业务时，需要向客户征收每季千分之五的保函手续费季，是500元每季。
2、履约保函手续费：银行为客户开立履约保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导度收取500元。
3、投标保函手续费：银行为客户开立投标保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导度收取500元。
4、分期付款与延期付款保函手续费：银行为客户开立分期付款、延期付款保函业务时，均需要像客户征续费，指导价为0.15%，每季度收取500元。
5、关税保函手续费：银行为客户开立关税保函业务时，需要向客户征收每季0.5%的保函手续费，指导度收取500元。