化粪池的清掏周期与粪便污水温度、气温、建筑物性质及排水水质、水量有关。设计清掏周 期过短，则化粪池粪液浓度过高，与实际清掏周期差距过大，影响正常发酵和污水处理效果，甚至造成粪液漫溢，影响环境卫生。设计清掏周期过长，则化粪池容积过大，增加造价。
第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
人工清理要先用铁钩打开化粪池的盖板，然后搅散化粪池内杂物结块层，进行人工清掏。设备清理准备与化粪池容积相同的吸粪车，将吸粪管放到化粪池的内部然后启动开关，内部的化粪结块基本上完全被吸完，然后使用水管清洗化粪池内部，排出多余的污水，再清洗化粪池的设备以及工具，盖好盖板，井内无积物浮在上面保持出入口畅通，污水不会溢出地面，清理化粪池的工作就完成了
机械清理是一种更加快捷的化粪池清理方式，相较于人工清理能够更加彻底地清理化粪池内的杂质和污垢。通过专业化粪车清理，清洗效果十分明显。不过，机械清理需要使用重型设备，而且操作难度较高，需要有一定的经验和专业技能。