清掏周期为3～12个月，实际设计中多取3～9个月，而酸性发酵阶段的酸性发酵期为3个月，酸性减退期为5个月左右。实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。
人工清理要先用铁钩打开化粪池的盖板，然后搅散化粪池内杂物结块层，进行人工清掏。设备清理准备与化粪池容积相同的吸粪车，将吸粪管放到化粪池的内部然后启动开关，内部的化粪结块基本上完全被吸完，然后使用水管清洗化粪池内部，排出多余的污水，再清洗化粪池的设备以及工具，盖好盖板，井内无积物浮在上面保持出入口畅通，污水不会溢出地面，清理化粪池的工作就完成了
人工清理是目前为常见的一种化粪池清理方式。需要特殊工具，如胶水吸管、硬鹅毛刷等，并配合化学清洗剂使用。可以将化粪池内的垃圾等物质人工取出，再用硫酸、酸碱等化学药剂清洗，以达到除臭、清洁化粪池的目的。
在清理化粪池过程中，要特别注意安 全问题。由于化粪池中可能存在有毒气体和可燃气体，因此要保持通风良好，并避免明火。在清理过程中，要注意不要将污水和污泥排放到周围的环境中，以免造成二次污染。应按照相关规定进行排放和处理。