第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化粪池清理方法是先用吸粪车吸出表层液体，再用高压水冲洗，待气味发散一会儿后，才能下人清理淤积物，化粪池长期不清理，其中积存的沼气让化粪池变成了一个隐形“炸弹”。
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人工清理是目前为常见的一种化粪池清理方式。需要特殊工具，如胶水吸管、硬鹅毛刷等，并配合化学清洗剂使用。可以将化粪池内的垃圾等物质人工取出，再用硫酸、酸碱等化学药剂清洗，以达到除臭、清洁化粪池的目的。