清掏周期为3～12个月，实际设计中多取3～9个月，而酸性发酵阶段的酸性发酵期为3个月，酸性减退期为5个月左右。实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。
第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
化粪池不清理可能会产生的后果
1、粪渣沉溺板结，导致留给粪水发酵的空间及时间不足，就直接影响无害化处理的效果，当粪渣板结达到一定高度后，粪便就相当于未经任何处理直接排出化粪池，会对环境造成污染。
2、化粪池长期不清理，就会有污物通过土壤渗入到地下，会污染地下水源，人饮用了地下水之后，就会对身体健康带来影响。
3、化粪池长期不清理会产生强烈的异味，想象一下生活在臭气熏天的环境下是种怎样的感受。
化粪池清理的原理主要是通过物理或化学方法，将化粪池内的沉淀物、有机物、和病毒等污染物进行清除，以恢复化粪池的正常功能。常见的清理方法包括：
1、人工清理：使用铁锹、水管等工具，通过人工方式将化粪池内的沉淀物和有机物清理出来。
2、机械清理：使用吸污车、高压清洗机等机械设备，通过强大的吸力和压力将化粪池内的污泥和杂物清理出来。
3、化学清理：使用强酸、强碱等化学药剂，通过化学反应分解化粪池内的有机物和沉淀物，使其变成可溶性物质或气体。