第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
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长期不清理化粪池的危害：
化粪池是处理粪便并加以过滤沉淀的设备。其原理是固化物在池底分解，上层的水化物体，进入管道流走，防止了管道堵塞。化粪池长期不清理，首先就是分解之后产生的大量气体，其中有易燃易爆的甲烷和其他有毒、有异味的气体影响居住环境，还有隐患。而且异味问题会很头疼，谁都不愿意生活在满是秽物异味的环境里。
化粪池太久不清理会漏出来，化粪池长期不清理池底积累过量污物，有可能会渗到地底，污染地下水源，给周围的水系环境带来严重的破坏。也会漏出地面，影响生活起居和工厂作业。所以说要定期清理化粪池。
化粪池清理的原理主要是通过物理或化学方法，将化粪池内的沉淀物、有机物、和病毒等污染物进行清除，以恢复化粪池的正常功能。常见的清理方法包括：
1、人工清理：使用铁锹、水管等工具，通过人工方式将化粪池内的沉淀物和有机物清理出来。
2、机械清理：使用吸污车、高压清洗机等机械设备，通过强大的吸力和压力将化粪池内的污泥和杂物清理出来。
3、化学清理：使用强酸、强碱等化学药剂，通过化学反应分解化粪池内的有机物和沉淀物，使其变成可溶性物质或气体。