凭保函签发提单则使得托运人能以清洁提单、已装船提单顺利地结汇。关于保函的法律效力，海牙规则和维斯比规则都没有作出规定，考虑到保函在海运业务中的实际意义和保护无辜的第三方的需要，汉堡规则次就保函的效力问题作出了明确的规定，保函是承运人与托运人之间的协议，不得对抗第三方，承运人与托运人之间的保函，只是在无欺骗第三方意图时才有效；如发现有意欺骗第三方，则承运人在赔偿第三方时不得享受责任限制，且保函也无效。
预付款保函又称还款担保，是指向工程业主（受益人）保证，如申请人未能履约或未能全部按合同规定使用预付款时，则银行负责返还担保函规定金额（或未还部分）的预付款。预付款担保的担保金额不应超过承包人收到的工程预付款总额。
保证是民法上的责任，是区别于物保的人的担保，是第三人和债权人约定，当债务人不履行或者不能履行其债务时，该第三人按照约定或法律规定履行债务或者承担责任的担保方式，分为一般保证和连带保证；保函是国际经济法上的责任，国际海上货物运输在《汉堡规则》中规定，托运人为了换取清洁提单可向承运人出具保函，保函只在托运人与承运人之间有效。我国海商法没有关于保函的规定，实践中参照以上规定。
保函和备用信用证，虽然在定义的具体表述上有所不同，但总的说来，它们都是由银行或其他实力雄厚的非银行金融机构应某项交易合同项下的当事人（申请人）的请求或指示，向交易的另一方（受益人）出立的书面文件，承诺对提交的在表面上符合其条款规定的书面索赔声明或其它单据予以付款。保函与备用信用证的法律当事人基本相同，一般包括申请人、担保人或开证行（二者处于相同地位）、受益人。三者之间的法律关系是，申请人与担保人或开证行之间是契约关系，二者之间的权利义务关系是以开立保函申请书或开证行与受益人之间的法律关系则是以保函或备用信用证条款为准。