北京儿童医院儿童保健中心设有新生儿行为测查、婴幼儿抚触、小儿生长发育及精神发育测评、儿童营养评价，听力筛查、视力筛查、超声骨密度检查、超声骨龄检查、智力筛查、智力测评、0-1岁52项神经运动检查、气质测评、铅损伤筛查、血铅测查、微量元素测评、血常规测查、25羟维生素D检测、注意力测评与训练、孤独症测评、人体成分测查、早期发育训练、语言测评、语言障碍训练、保健咨询以及健康教育，儿童免疫规划等多项与保健相关的服务，同时也可接纳幼儿园、中小学生集体儿童的健康体检工作。其中，小儿生长发育与营养、精神发育测评与早期干预是中心的工作重点及亮点。
北京儿童医院技术力量雄厚。拥有重点学科儿科学，国家儿童肿瘤监测中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家中西医协同旗舰医院试点单位等12个平台，8个国家临床重点专科，5个北京市重点实验室，2个北京市级研究平台以及16个市级医疗中心。医院设有疑难罕见病例会诊中心和远程会诊中心，儿科疑难重症疾病的诊断水平居国内地位，是中华医学会儿科学分会、儿外科分会，中国医师协会小儿外科医师分会，中华护理学会儿科专业委员会主任委员单位。
多年来，为方便患者就医，北京儿童医院始终坚持24小时接诊。医院积极践行公立医院改革，推进预约挂号工作，优化服务流程，改善患者就医体验，受到国家卫生健康委的肯定和广大群众的认可。医院还承担了上级部门委派的重大儿童传染病防治、抗震救灾支援、突发公共卫生事件救治等医疗任务。
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