北京大学肿瘤医院设有36个临床科室，14个医技科室，10个基础研究科室,4个基础平台科室,开放床位801张。全年门诊量75万人次，年收治病人9.6万人次，手术1.7万例。医院职工近2600人，在编职工中正高级职称152人，副高级职称253人。
北京大学肿瘤医院现有工程院院士1名、长江学者奖励计划特聘教授2名，自建院以来先后有4人获国家自然科学基金杰出青年、11人获突出贡献专家，42人获政府特殊津贴。现有教授43名、副教授81名、博士研究生导师59名、硕士研究生导师69名。
北京大学肿瘤医院是全国肿瘤学博士学位授权点和博士后流动站。医学教育涵盖本科生、硕士生、博士生、博士后以及进修生、职工的继续教育。每年定期举办全国临床肿瘤医师进修班和国家继续教育项目全国性学习班。
北京大学肿瘤医院与许多国际知名肿瘤研究机构建立了密切的合作关系，每年不断有国内外专家学者来院参观、考察、讲学，进行科研协作与学术交流。医院也不断有科研、临床、医技专业人员出国访问、进修、短期工作或参加国际学术会议。