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北京大学肿瘤医院有国家重点学科1个(肿瘤学)、国家临床重点专科2个(肿瘤科、病理科)、北京市重点学科4个(胃癌防治中心、乳腺癌防治中心、影像介入中心、超声诊断中心)、北京市中医管理局重点学科1个(中西医结合科暨老年肿瘤科)，全国名老中医药专家传承工作室1个，北京学者工作室2个，是消化系肿瘤整合防治全国重点实验室，是恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室、国家药监局重点实验室所在单位、抗肿瘤新药及新技术研发北京市工程研究中心、北京市国际科技合作基地、北京市首批示范性研究型病房、科技部抗肿瘤新药疗效与性评价信息化平台的建设单位。被国家卫健委授予首批肿瘤多学科诊疗试点医院、国家首批肿瘤高通量基因测序临床试点单位;是承担北京地区癌症发病登记与生存统计，并向政府及WHO提供数据的中心。是北京协会、北京癌症康复会的挂靠和依托单位。
医院自成立以来，致力于胃癌、乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肝癌、食管癌、恶性淋巴瘤、恶性黑色素瘤、泌尿系统肿瘤、妇科肿瘤、头颈部肿瘤、骨肿瘤、软组织与腹膜后肿瘤等各种肿瘤的诊断、综合和转化研究。其中胃癌防治体系方面的研究两次获得了国家科技进步二等奖。
北京大学肿瘤医院与许多国际知名肿瘤研究机构建立了密切的合作关系，每年不断有国内外专家学者来院参观、考察、讲学，进行科研协作与学术交流。医院也不断有科研、临床、医技专业人员出国访问、进修、短期工作或参加国际学术会议。