北京大学肿瘤医院设有36个临床科室，14个医技科室，10个基础研究科室,4个基础平台科室,开放床位801张。全年门诊量75万人次，年收治病人9.6万人次，手术1.7万例。医院职工近2600人，在编职工中正高级职称152人，副高级职称253人。
医院自成立以来，致力于胃癌、乳腺癌、肺癌、结直肠癌、肝癌、食管癌、恶性淋巴瘤、恶性黑色素瘤、泌尿系统肿瘤、妇科肿瘤、头颈部肿瘤、骨肿瘤、软组织与腹膜后肿瘤等各种肿瘤的诊断、综合和转化研究。其中胃癌防治体系方面的研究两次获得了国家科技进步二等奖。
研究所建所以来，在肿瘤学基础理论研究、常见主要肿瘤的临床诊断与、胃癌、食管癌高发区现场的预防干预研究等领域均有创新与的成绩，在国内外颇具影响。
北京大学肿瘤医院与许多国际知名肿瘤研究机构建立了密切的合作关系，每年不断有国内外专家学者来院参观、考察、讲学，进行科研协作与学术交流。医院也不断有科研、临床、医技专业人员出国访问、进修、短期工作或参加国际学术会议。