先后承担2项国家自然科学基金重点项目，国家“863”计划、国家“973”计划课题组长、重大新药创制等课题多项；获国家发明专利授权4项，国际专利（德国、美国）授权2项，申请国家发明专利3项；发表SCI论文34篇，或通讯作者29篇，影响因子146.837；主编专著四部；先后获国家科技进步二等奖2项、省部级科技一等奖3项，二等奖1项。
长期从事风湿临床免疫基础和临床研究。首次发现：新生抗原介导了强直性脊柱炎发病，是该领域里程碑式重大发现（Science，2023）；类风湿关节炎滑膜中铁死亡机制；CD147是病毒和疟原虫入侵人体新受体。研发成功抗恶性疟疾和重症新冠病毒感染特异创新；建立了炎性关节炎内外科综合诊疗关键技术体系，首先提出“AS合并髋关节炎MRI评估标准”，主持建立《ANCA检测技术》和《中轴型脊柱关节炎综合评估》中国专家共识。
朱平医术精湛，不少省外患者慕名而来。她总是说：“他们来一次不容易，能少跑一趟是一趟，能省住宿费就省。”为了给患者减轻经济负担，她仔细分析病情，确立完善的诊疗方案，让病人少花钱、少奔波。每逢坐诊，她常常自愿延长门诊时间，态度和善、耐心细致地接待完后一名患者才下班。
朱平秉持医无止境、倾心育人的初心，在风湿病、临床免疫学领域的道路上砥砺奋进，主编和翻译了多部教育部研究生、本科生统编教材专著。她主编的全国高等医学院校本科生教材《临床免疫学》和专科医师参考书《实用临床免疫学》，至今仍是该领域经典的专著。