医院拥有5位中国工程院院士，1百多名技术三级以上专家，1千多名高职专业技术人员。医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖20项，国家发明奖2项，军队科技进步一等奖21项。 [2]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，中国人民解放军总医院名列第三。
重点学科
国家重点学科（8个）：老年医学、耳鼻咽喉科学 、内科学（呼吸系病）、外科学（）、外科学（骨外科）、内科学（肾病）、外科学（普外）、传统中医学（中西医结合老年病）。
军队重点学科（1个）：骨科
北京市重点学科（2个）：内科学、外科学
总后“530工程”重点学科（2个）：野战内科学、野战外科学
硕博士学位
博士学位一级学科（5个）：临床医学、基础医学、口腔医学、中西医结合、护理学
硕士学位一级学科（8个）：临床医学、基础医学、口腔医学、中西医结合、公共卫生与预防医学、药学、中医学、护理学
博士后流动站（5个）：临床医学、口腔医学、中西医结合、基础医学、护理学
对外交流
据医院官网2015年12月信息显示：医院与100多个国家和地区的医学院校、医疗科研单位开展了广泛的学术交流和技术合作，每年有700多名技术人员出国进修和技术合作，有400多名国外专家来院访问、讲学。先后聘请了150余名国外学者担任名誉教授和技术顾问。
医学院与解放军第302医院、北京军区总医院、海军总医院、总医院、解放军第306医院、解放军第309医院、武警总医院、白求恩国际和平医院等多家单位组建教学联合体，共同承担研究生教育任务；近年又分别同清华大学、南开大学、北京中医药大学签订联合办学协议，同时还与100多个国家和地区的医学院校、科研机构开展了广泛的学术和技术交流。
总医院每年都要派出10多批次100多名专家，赴老少边穷地区巡诊义诊，赢得了各方赞誉。
军人就医
办理住院手续时，患者需到住院管理科相应窗口核实身份
一、 体系内军队患者
（一） 师干首长
需携带绿色保健本、军人保障卡、工作单位或干休所的行政介绍信等。
（二） 团以下军人
需携带证件（军官证、文职证、士兵证）、军人保障卡、工作单位的行政介绍信等。
（三） 军队职工
需携带身份证、职工保障卡等。
（四） 军人家属
持绿色或蓝色保障卡患者，需携带家属保障卡等。
二、 体系外军队患者
体系外军人（包括师干、团以下、战士）入院，在办理完逐级审批手续后，携带证件（军官证、文职证、士兵证）、行政介绍信、医疗转诊介绍信、军人保障卡等。
三、 军队移交地方患者
（一） 司（局、厅）级患者，需携带身份证、棕色保健本以及住院押金等。
（二） 处及以下患者，需携带身份证、军队退休证以及住院押金等。