中国医学科学院阜外医院始建于1956年，是一所集医疗、科研、预防和人才培养于一体的三级甲等专科医院，是北京市医保定点单位。
2021年8月，中国医学科学院阜外医院实验诊断中心被评选为第20届全国青年文明号。
2021年11月20日，入选2020年度中国医院综合排行榜。2021年12月3日，门头沟区政府与中国医学科学院阜外医院签署战略合作框架协议，共同推动首批国家医学中心阜外西山院区落地门头沟。
医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
大步向前的科研成绩
建院68年来，阜外医院共斩获科研成果361项，其中国家科学进步奖（含全国科技大会奖）46项，部委级成果奖187项，获国家专利713项，发表学术论文14192篇,出版专著341部。自1998年至2023年SCI收录论文5403篇，全院发表在影响因子大于5的期刊（The Lancet《柳叶刀》、The New England Journal of Medicine《新英格兰医学杂志》、Circulation《循环》杂志等）论文2075篇。牵头和参与了国家“七五”以来的心血管领域攻关项目126项和“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“十三五”、“十四五”等重大项目，获得科研立项1805项。阜外医院心血管病学、心血管外科学连续十年名列年度学科榜单首位。心血管病学、心血管外科学名列五年总科技量值(ASTEM)榜单首位。
优化社区卫生服务模式
自2009年起，阜外医院积极探索社区防治转诊模式，与北京多家具有代表性的医院启动合作与防治项目，与北京市五大城区卫生局签署了对口支援协议书，推行专家定期社区出诊，已形成北京市社区心血管疾病“前筛”、“后疗”和“健教”三个基地。2013年组织召开全国心血管病社区防治工作经验交流会，不断探索和完善心血管病防治健康管理服务模式。近年来，阜外医院与时俱进，探索以信息化为支撑的“互联网+智慧医疗”的新型干预模式，成功研发临床辅助决策工具，建立了针对患者和医生两个层面的综合干预管理系统，更好地适应基层医疗卫生机构高血压管理需要，提升慢病防控能力及水平。