预付款融资通常是基于核心企业的业务进行，核心企业是属于生产型企业，下游采购商给核心企业下订单，需要预支付订单全额，核心企业收到货款后再进行生产。
此时如果采购缺资金情况则无法进行下订单。
在这个基础上，金融机构介入在供应链环节中，提供预付款融资产品。
采购商只需要支付一定比例的保证金，剩余资金由金融机构进行垫付。
在生产完成，货权控制在核心企业手中，采购商在进行提货时，必须先还款给金融机构，金融机构开具放货通知单。
核心企业接收到放货通知单再进行放货。
如果下游采购商违约，则需要由核心协助金融机构处理货物，将货物处置完成后的资金，再还款给金融机构。
预付款融资交易结构（根据金融机构要求会有不同的改动）
预付款融资模式主要是以生产型企业为主，金融机构已经介入到供应链环节中，核心企业协助金融机构完成整个融资流程。
在整个供应链融资中，有核心企业、上下游中小企业、商业银行三个主要参与方。
其中，核心企业资信水平好，信用评级高，通过担保、回购等方式帮助将自身信用与中小企业进行捆绑，降低中小企业的融资门槛。
从而帮助靠自身信用无法获得贷款的中小企业进行融资，在整个供应链融资中起到主导作用；
供应链理论将企业的经营看作是一个价值增值的过程，主张上下游企业之间的合作，将竞争战略理论实用化。供应链金融从资金流角度上将供应链节点上的参与主体联系在一起，搭建了新型的战略合作关系。
目前，供应链金融尽管在很大程度上减少了中小企业受信中的道德风险。但是，由于供应链融资中的中小企业自身抗市场风险能力较弱，且供应链金融参与者众多，而且可能涉及不同的产业、技术领域，其运作存在的一些潜在风险不容忽视。