保函保证金是指针对银行保证函所支付的保证金。
保函(Letter of Guarantee, L/G)又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行起责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，一般公司及银行都印有一定格式的保证书。其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。
开具保函后，投标人或承包人应及时向招标人、业主送达或通过当地银行代交保函。 保函的递交方式，主要有招标人或承包人亲自递交、邮寄、银行传递等。有的合同规定，招标人或业主为保护自身利益，只接受当地银行开出的保函。
如果委托人与当地银行没有业务往来关系，又无资金存入当地银行时，则可以先在我国或第三国的银行开具保函到当地银行，再由当地银行向招标人或业主签发保函。应注意的是，不管用何种方式递交银行保函，都应该要求招标人或业主等在收到保函后，出具收到保函的证明文件。
办理保函需要多长时间？
保函这办理的时间要根据保函的种类和资料收集情况来定，一般来说投标保函1天可出。履约，预付款，质量等保函在资料收集的情况下2~3个工作日。
保函有什么作用呢？
在采购、工程等项目上体现的比较多。一般的工程项目，甲方为了保障自己的权益，都会要去中标的公司，在签订合同以后，先交一部分保证金到甲方账户，以后一旦发生纠纷，自己的损失会少一点。但是对于一个公司来说，流动资金会关系到公司项目的进度，一般不愿意把大额的钱给到甲方，这个时候就可以通过保函的形式，用保函替代现金交给甲方。保函的出现对于双方其实是一个双赢的事情，甲方利益有保障，乙方也有足够的流动资金运作公司，所以现在很多需要保证金的项目都愿意开具保函，这不限制于工程项目，也包括了采购、招标等等。