投标保函办理手续费（银行保函）得根据办理方式来定，如果企业自己去银行办理，交全额保证金，然后按照季度交手续费，大概在几百块不等，还有一种方式是通过占用第三方担保公司在银行的额度出的保函（分离式保函），这种保函跟企业自己去出保函效果一样，出的保函上不体现担保公司，只体现受益人、申请企业、项目名称、保函金额和期限等信息，这种费用也是几百块，但是不用交保证金。
一、企业自己去银行开。
（1）尤其次去，需要准备很多资料：经申请人签章的《出具保函申请书》（建设银行格式），包括标书、合同、有关部门批准件在内的保函背景资料，申请人加盖公章的保函格式，近期经审计的财务报表，反担保措施及相关证明文件等。
（2）银行审核申请人资信情况、履约能力、项目可行性、保函条款、及其提交材料的完整性与合法性。
（3）落实反担保措施
（4）签订《出具保函协议书》（中国建设银行格式）
（5）对外开出保函。
整个流程比较复杂，从提交到出保函，大概得需要7-14天不等。
预付款保函,又称还款保函，指担保人(银行)根据申请人(合同中的预收款人，通常情况下是出口商)的要求向受益人(合同中的预付款人，通常是进口商)开立的，保证一旦申请人未能履约，或者未能全部履约，将在收到受益人提出的索赔后向其返还该预付款的书面保证承诺。
商业保函指的是，除了银行以外，由其他商业机构出具的保函，一般出具保函的公司都是专业的担保机构或商业机构的信用担保。
商业保函也是包括了很多种的，比如预付款保、农民工工资支付保函、质量保函、投标保函、履约保函等，这些都是属于商业保函。
商业保函的费用相对于银行办函要便宜很多，有的可能低于50%以上。这对于建筑企业来说，相对还是比较节约成本的。