泥鳅的骨骼共有 234 块，其中包括：头骨 30 块，眼窝内骨系 10 块，鳃盖骨系 12 块，颚弓 8 块，舌弓15块，鳃弓 26 块，中轴骨 109 块，肩腰带 16 块，魏氏器 8 块（背肋 30 余根全部除外）。 ① 头骨：头骨全长仅 25 毫米，前端由犁骨、鼻骨和前鼻骨组成 1 个约有 6 毫米2左右的三角形的面积，在三角形的中间隔以鼻骨大脊状隆起，该隆起正嵌于左右额骨的愈合缝之间。而在三角形顶端有 3 个呈品字形的小圆突，此是前鼻骨的外端。头骨总的形状是前端尖而后端宽。 头骨有前鼻骨 2 块，鼻骨 1 块，犁骨 2 块，前额骨 2 块，眶蝶骨 2 块，捩骨 2 块，额骨 2 块，顶骨 2 块，上枕骨 2 块，外枕骨 2 块，基枕骨 1 块，鳞骨 2 块，腭骨 1 块，副蝶骨 1 块，前耳骨 2 块，上耳骨 2 块，翼蝶骨 2 块。 眼窝内骨系和眼窝外骨系：泥鳅的眼睛很小，在眼周围找不到有骨骼的痕迹，泥鳅上下颚周围有触须可助其营感觉作用，另外泥鳅经常居住于泥土中，因此眼睛很小，所以其眼窝外骨系很可能是退化了。但眼窝内骨系则完全与鲤科鱼类的一样，仍有 5 对骨片组成，薄弱而小，但如果把在鳃盖骨和眼窝后方之间的 3 块肌肉掀开，则很清楚地看到薄而透明的这五对骨片。它们是翼骨 2 块，前翼骨 2 块，后翼骨 2 块，方骨 2 块，续骨 2 块。 鳃盖骨系：有前鳃盖骨 2 块，鳃盖骨 2 块，后鳃盖骨 2 块，间鳃盖骨 2 块。 颚弓：上颚有前颌骨 2 块，上颌骨 2 块；下颚有下颌骨2块，关节骨 2 块。 舌弓：共有15块骨片组成，其中舌内骨 2 节，基舌骨1块，角舌骨 3 对和鳃皮辐射骨 3 对。 鳃弓：第 1 一 4 对鳃骨的下鳃骨内弓上有小锯齿状突起。下鳃骨细长，上鳃骨背面有 1 个关节窝。第 5 对鳃弓即喉齿，共 15 枚，排列一行呈弓形线。第 1 齿很小，第 2 一 4 齿，同时高于其他各齿。从第 5 齿开始逐渐变小。在第 3 齿的外侧和第 1 齿的下方各有细长的突起，该 2 个突起之间形成半圆形。另外左右的第 5 对鳃弓的自然状态是相接着的。舌颚骨有 2 节，第 1 节较粗，第 2 节细小。鳃弓结构见图。 ② 中轴骨：泥鳅的椎骨约有 49 一 51 个。第 4 一 29 椎体上着生有 24 一 26 对腹肋。中轴骨全长约 164 毫米。第 20 一 23 椎体背方的神经棘之间插有背鳍的鳍条 7 根。第 26 一 28 椎体的腹肋之间嵌着腹鳍的鳍条 5 根。第 31 一 33 椎体的脉弓之间嵌有臀鳍的鳍条 5 根。 泥鳅的中轴骨自第 3 椎骨开始有前关节突，但还不太显著。第 4 一 27 椎体的前关节突已很显著了。第 28 一 30 椎体有显著的前关节突和不显著的后关节突，第 31 一 50 椎体的后关节突也很清楚了。另外，第 4 一 49 椎体上还有横突。第 32 椎体才开始有基突，第 33 一 50 椎体的基突很显著。 ③ 四肢骨：分肩带和腰带。肩带有上锁骨2 块，锁骨 2块，乌喙骨2块，肩胛骨2块，鳍担骨3块，腰带仅有无名骨2块。 ④魏氏器：有三角骨2块，舟状骨2块，间插骨2块，带状骨2块。