如果说飞天茅台酒具有独特的地域和特殊的原料是自然天成之作，那么飞天茅台酒独特的酿造工艺就是能工巧匠之妙。
三高
三高是指飞天茅台酒生产工艺的高温制曲、高温堆积发酵、高温馏酒。飞天茅台酒大曲在发酵过程中温度高达63℃，比其他任何名白酒的制曲发酵温度都高10-15℃；在整个大曲发酵过程中可优选环境微生物种类，后形成以耐高温产香的微生物体系，在制曲过程中首先做到了趋利避害之功效。
高温堆积发酵是中国白酒生产敞开式发酵为经典和独创之作，也是其他名白酒工艺所不具有的。飞天茅台酒高温堆积发酵是飞天茅台酒网络利用自然微生物，进行自然发酵生香的过程，也是形成飞天茅台酒
主要香味物质的过程，其堆积发酵温度高达53℃。通过高温堆积发酵，形成飞天茅台酒特殊芳香物，也通过微生物细胞蛋白产生氨基酸等营养物质。
高温馏酒：蒸馏工艺本身是固液分离的技术，但飞天茅台酒生产工艺的蒸馏与其他白酒完全不同。飞天茅台酒的蒸馏馏酒温度高达40℃以上，比其他白酒高10-20℃，主要目的一是分离飞天茅台酒经发酵的有效成份；二是去除发酵过程中的副产物或不利物质或低沸点物质，是飞天茅台酒饮用不口干、不上头的一个重要原因。
三长
飞天茅台酒工艺中的"三长"主要指飞天茅台酒基酒生产周期长、大曲贮存时间长、飞天茅台酒基酒酒龄长。飞天茅台酒基酒生产周期长达一年，共分下沙、造沙二次投料，一至七个烤酒轮次，可概括为二次投料、九次蒸馏、八次发酵、七次取酒，历经春、夏、秋、冬一年时间。而其他名白酒只需几个月或十多天即可。
飞天茅台酒大曲贮存时间长达六个月才能流入制曲生产使用，比其他白酒多存3-4个月，这对提高飞天茅台酒基酒质量具有重要作用，而且大曲用量大，是其他白酒的4-5倍。
飞天茅台酒一般需要长达三年以上贮存才能勾兑，通过贮存可趋利避害，使酒体更醇香味美，加上飞天茅台酒高沸点物质丰富，更能体现飞天茅台酒的价值，这是其他香型白酒不具有的特点。