水族馆循环用水，如过滤不善，一旦发生鱼病就会传播整个水族馆。世界上对淡水鱼病的研究较为深入，方法较为有效；但对海水鱼病的研究才发展起来，许多方法还处在探索阶段。对水族馆鱼病应着重预防，一要保持水质洁净，及时清除残渣，以免滋生而感染鱼病；二要保持适宜水温，充足的氧气，以免鱼类因水温不适或缺氧而致病；三要饵料新鲜，喂养得法，以保持鱼类有足够的营养，使生长发育正常，增强对疾病的抵抗力。对新捕来的鱼要先在暂养池中隔离观察。特别是对国外或别处运来的动物必须进行严格检疫，证明确无疾病后方能放入饲养池。饲养池在放养前应彻底。
水族馆常见的海水鱼病有鱼体外部损伤，海水白点病、卵甲藻病、弧菌病、单殖吸虫病和眼球突出症等。为防止鱼病危害必须尽早发现疾病并作出正确的诊断和进行有效的。下法有全池泼洒、短时间浸洗、局部涂擦、动物口服和注射等。常用有硫酸铜、硫酸亚铁、高锰酸钾、漂白粉和素等。有些海水寄生虫病用淡水浸浴也很有效。