1、担保时间不同
履约保函是为了防止施工单位或供货商不按合同约定履行义务。担保的时间往往要贯穿整个项目，比较长。
预付款保函是为了防止施工单位或供货商拿了预付款就跑路的事情发生。担保时间一般在30-90天之间。
2、维护权益不同
履约保函：不但能缓解承包方的资金压力，还能合理制约承包方的行为，维护业主的权益，提高工作效率，同时保障了承包方与业主的权益。
预付款保函：业主预支工程款项，保证承包方在规定时间内返还款项，保障了业主的权益。
3、需求情况不同
广义上讲，履约保函包含了履约保函、预付款保函、质量保修保函等。预付款保函其实是一种特殊形式的履约保函，有时候一个项目中只需要提供一张履约保函，而不需要预付款保函，因为有的项目就没有预付款。有时候会要求履约预付款保函同时开具，具体情况以实际项目而定。
两者的适用范围都非常广泛，政府采招项目，大型房地产公司的招标项目，如铁路物资招标项目、南方电网、国家电网的招标项目、中国移动、联通等都会明确要求必须提供此类保函，以保证项目的规范性。
从预付款保函和履约保函的定义中可以得出，不管是预付款保函还是履约保函二者的终目的是一样的，都是为了程度的保护业主的权益。预付款保函和履约保函的区别主要在于担保的期限时间长短不同，前者较长而后者一般较短，现实中有的可能指存在其中的一个，这是大家视具体情况作出选择，学会灵活的运用。